In epoca precolombiana era abitato da popoli diversi: i Chorotegas o Mangue, i Nicarao e, provenienti dal Messico, i Maya, i Chibcha e i Mosquitos.

Il paese fu esplorato da Gil Gonzáles Dávila (1522-23) e colonizzato l'anno successivo dagli spagnoli, che vi fondarono le città di León e Granada.

Nel 1822 si sottrae al dominio spagnolo con la creazione dell'Impero Messicano, del quale fece parte fino al 1823, entrando nella Repubblica Federale dell' America Centrale. La federazione si sciolse nel 1839, ed il Nicaragua divenne repubblica, entrando in un periodo di lotte interne sanguinose tra conservatori e liberali, di cui approfittarono Regno Unito (che si impossessò della regione di Mosquito nel 1840) e gli USA, che si garantì il controllo del paese, organizzando l'intervento militare di W. Walker, riconosciuto presidente nel 1856.

La capitale viene trasferita a Managua, nel tentativo di porre fine alle lotte tra Granada e Leon.

Il paese passò sotto governi conservatori (1857-1893) che, con un'adeguata politica agricola, permisero un miglioramento delle condizioni economiche.

Il liberale Zelaya, con l'appoggio dei militari, rovesciò il presidente Sacasa (1893), assumendo il potere, ma fu a sua volte destituito dall'esercito USA (1907), in quanto contrario all'ingerenza statunitense nell'America centrale.

Gli USA inviarono nuovamente le proprie truppe in Nicaragua (dal 1912 al 1933), su richiesta del presidente Diaz, presidiando il paese quasi ininterrottamente. Le lotte si riaccesero ad opera dei liberali, guidati dal generale Sandino, che scatenarono una violenta guerriglia antigovernativa, che terminò solo con l'arrivo al potere di Moncada, sostenuto dagli USA.

Marines statunitensi arrivano nella città di Matagalpa durante l'occupazione del Nicaragua (1927-1933)

L'importanza dei militari crebbe. Venne creata una guardia nazionale che deteneva il controllo su tutto il paese e che portò al potere il suo comandante, Anastasio Somoza, dal 1933 al 1956, anno in cui morì a seguito di un attentato.

Somoza esercitò un potere dittatoriale, perseguendo una politica di avvicinamento agli USA e di opposizione ai governi di sinistra dell'America centrale, contro i quali intervenne attivamente.

Gli successe il figlio, Luis Somoza Debayle, confermato da elezioni per altri 6 anni. Con alterne vicende, la famiglia Somoza riuscì a mantenere a lungo il potere in Nicaragua, mentre andava rafforzandosi il Fronte Sandinista, oppositore al governo, che avviò una campagna di lotta armata nel tentativo di liberare il paese dal monopolio dei Somoza.

Quando ormai i sandinisti controllavano quasi tutto il paese ed alcuni quartieri della capitale (1979), Somoza diede le dimissioni e si rifugiò negli USA.

I primi 18 mesi del nuovo governo furono caratterizzati da un'intensa attività che permise di risollevare l'economia del paese, attenuare la disoccupazione e avviare la lotta all'analfabetismo. Nell'estate del 1982 la situazione si aggravò, quando ai contras (formazione guerrigliera antisandinista e anticomunista) si unì l'esercito dell'Honduras (su pressione degli USA).

Solo con le elezioni presidenziale del 25 febbraio 1990, il Nicaragua arrivò alla pacificazione; viene eletta alla presidenza Violeta Barrios de Chamorro, che sconfigge contro ogni previsione il candidato sandinista Ortega; sandinisti e contras firmano un accordo per la smobilitazione delle forze di guerriglia.

Da allora il Nicaragua continua ad avere regolari elezioni democratiche che hanno dato vita al governo di Arnoldo Alemàn (1997-2002) e a quello attuale, di Enrique Bolaños (2002-2006).